Es un trastorno en el cual el revestimiento del esófago (el tubo que lleva el alimento desde la garganta hasta el estómago) presenta daño causado por irritación a causa de los ácidos estomacales que se han filtrado hacia el mismo. Dicha filtración de ácido se conoce comúnmente como "acidez" (reflujo gastroesofágico).
La causa del síndrome de Barrett es una irritación del revestimiento del esófago por el ácido gástrico y suele ser más frecuente en hombres que en mujeres. El factor de riesgo es un reflujo gastroesofágico frecuente y duradero. Asimismo, existe un incremento del riesgo de desarrollar cáncer esofágico con esta afección.